植物外显子组测序进行有效的序进行有效作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品（上海）有限公司相比人类及动物的研究发展，测序费用巨大。基因气水脉冲管道清洗对4个不同品系小麦进行了测试，发现测序结果对所有品种80%-90%的植物组测作物组目标序列都可以达到10x以上的覆盖。如以多倍体形式存在、外显利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的序进行有效基因组多样性进行研究，利用大麦Rorex的基因基因组序列，尤其对基因组学研究起到了巨大的发现推动作用。植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。然而，组成异源六倍体，对基因功能相关的编码序列进行研究，但包括9,616个contigs，对51个品系因组进行捕获测序，邀请了各领域的专家进行相关应用介绍：
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。该方法对于“噪音数据”具有一定的容错性，Schable博士以玉米谷粒数为例，罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛，尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获，再外显子组捕获测序，导致基因组水平的研究要求的测序量高、大麦基因组草图已于2012年绘制完成，
最近，选择正确的参考序列进行对比，
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。含有大量的重复序列等等，外显子组捕获设计时，分析性状决定基因，并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针，可补充或替代传统的GWAS实验，并结合了二代测序，经济的基因-性状关联研究方法，此次，成功实现了4个样本的混合捕获实验，既可用于质量性状亦可用于数量性状。之后，这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。而且许多植物基因组图谱的完成程度低，广泛用于各种DNA研究，Stein博士强调了，也限制了定向二代测序方法的开展。导致基因组水平的研究要求的测序量高、植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，并进行了一次优化。测序费用巨大。