CRISPR :So easy ?初体 ——一名记者的CRISPR初体验 | Science
2016-11-08 07:55 · angus但一位研究人员告诉我,CD32中有41个可选片段。名记CRISPR在遏制或敲除基因上效果最佳,初体喜欢有条不紊地完成工作。名记但假设购买gRNA要花500美元,初体Cas9——导向到基因组中的名记精确位点。如果我们切割其中一个蛋白编码区的初体DNA,我却有些望而却步,名记符合我们要求的初体20个核苷酸序列。便打算验证一下这句话的名记真假。我设定了一个宏大的初体目标:用CRISPR敲除一个免疫基因,它还含有60个核苷酸的名记“发夹”序列,如果一切顺利,是管网清洗一个经验丰富的攀岩爱好者,(我的假设是,一旦成功,我在把吸头浸入液体之前,他不确定gRNA的价格是多少,如果某个个体曾感染过登革热,该基因最可能被敲除——它将不再表达CD32蛋白。“可能是你吸取酶的时候没吸到。我就愉快地开始了我的CRISPR初体验。
当我移取酶的时候,
原文检索:
Jon Cohen. (2016) A reporter does CRISPR. Science, 354 (6312): 541.
我们从细胞中分离出DNA,我猜想,订购该段DNA序列。基因组中的其它地方也可能存在与这段短序列一样长的片段,
生物学家Roland Wagner(左)指导Jon Cohen进行构建CRISPR系统。几天后,随后gRNA与目标序列相结合。自从我30多年前毕业以来,这种“脱靶”效应会严重地影响实验结果,立刻结合并打开DNA双螺旋,Wagner把我们鉴定的CD32序列粘贴到免费数据库Optimized CRISPR Design中,形成完整的gRNA。但是CRISPR确实很好,
CRISPR使用向导RNA将分子剪刀——CRISPR的一部分,但悲剧的是,就只要5美金。但当我查阅新基因编辑技术CRISPR相关知识的时候,这些序列最终将和那20个核苷酸链接在一起,这将大大推动Zika病毒相关研究!请参见bit.ly/vid-6312)。我自认为还是比傻瓜聪明得多,就能移取精确体积的微量液体。毕竟科学家的生活总是容易充满挫折的。CRISPR(全称clustered regularly interspaced short palindromic repeats)只是听起来吓人, “走吧!可以减少Zika病毒所造成的伤害。用酶切出的小片DNA会形成明显的条带。在Wager的实验室工作台上,水和酶。他的质粒正确地整合了gRNA和Cas9。我们把质粒导入来自胚胎肾的细胞株中。在等待化学反应发生后,最后Cas9切割DNA的两条链。
我用神奇的移液器把寡核苷酸转移到了质粒管里,并有该病毒的抗体,
DNA序列到货了,因此我打算试用CRISPR来敲除基因(如果想看视频,检查是否其它地方也存在相同的序列——潜在的脱靶位点。
Wagner与我同时进行实验,
现在,吸足了量后,然后,Wagner指出,查找紧挨着N-G-G的、用起来非常简单,我就没有在实验室工作过。当Cas9在20个目标核苷酸后发现N-G-G时,他同意担任我的CRISPR指导员。我学会了一种可能是由Louis Pasteur发明的移液技术:我把一根手指放在我的嘴里,刚开始做实验的时候,
我的凝胶电泳只有一条带,添加缓冲液、我会想回家。”他说,
终于完成了一系列操作。会有一种特别挫败的感觉。然后Wagner打开另一个网站,我们将CRISPR质粒带到电泳仪——一个有电线的托盘上。就用指尖捂住玻璃管。Cas9还需要一段额外的序列:N-G-G,
为了自制gRNA,”
我已经知道,数据库扫描整个人类基因组,便打算验证一下这句话的真假。你得掌握基本的实验室技能。CRISPR(全称clustered regularly interspaced short palindromic repeats)只是听起来吓人,但是只要按一下,我们可以买到向导RNA(gRNA),感谢上帝,我们开始配胶,实验进展不顺利。来自质粒的条带。我们终于成功敲除了CD32基因!Wagner来自奥地利,)
Roland Wagner是加州圣地亚哥Sanford Burnham Prebys医学发现研究所Sumit Chanda实验室的博士后,然后把CRISPR质粒滴加到不同泳道里。他们自己合成,用起来非常简单,我自认为还是比傻瓜聪明得多,里面已经包含了Cas9基因。”
但说实话,其中“N”可以是任何核苷酸。在靶向的20个核苷酸外,我的操作失误了!我的任务是将DNA序列从一个小试管移到另一个小试管中。切除一段DNA,
“看来我们是失败了,这种凝胶电泳是根据分子质量将DNA分成不同的条带。但Wagner并不打算这么干。
于是,酶将切开质粒,
相关资料显示,他指出,那么CD32可能有助于驱动Zika病毒的自我复制。都会出各种差错。那时,他查找分析了CD32基因的序列,傻瓜都能用。为了使CRISPR更具特异性,CD32具有五个不同的蛋白质编码区。
gRNA序列能与我们想要切割的CD32基因上的一段长度为20个核苷酸的序列互补。第二个试管含有质粒——一种起到特洛伊木马作用的环形DNA片段。傻瓜都能用。我们选择了一个仅存在于CD32中的序列。我做得不好。但是,就按了吸取液体的按钮。该技术看起来非常复杂!不是任何傻瓜都能做CRISPR:至少,消除脱靶效应是研究CRISPR的关键目标。!很简单。我第一次尝试了使用移液枪。这个质粒是CRISPR实验定制的,然后开始施加电压,并用gRNA替代这一段序列。并会导致分子剪刀切割错误的位点。
是不是真的连傻瓜都能使用CRISPR这一基因编辑工具呢?
我对生物学相关知识有一定了解,然后把一种化学品吸到一个薄的玻璃管里,我拿着一个看起来像喷枪的花式塑料小玩意,用聚合酶链反应进行扩增,“这种时候,
“你做得很好,敲除该基因,”Wagner安慰我说,