Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本，从芯最终实现华丽转身。从芯”
改用RNA-seq的从芯研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物学信息，比如外显子、从芯”
Mantione使用芯片对自己开发的从芯药物进行评估，本文探讨了从芯片到RNA-seq的从芯过渡，在测序深度足够的从芯情况下，该技术在这方面还将继续占据统治地位，从芯
有时候，从芯没有绝对的从芯自来水管道冲洗下限。难以压倒背景荧光。从芯在转录本丰度很低的从芯情况下，Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片，RNA-seq才是真正的大赢家。”赛默飞世尔公司的Anup Parikh指出。人们继续使用芯片只是因为想要对新数据和旧数据进行比较，“因此它是一个理想的研发平台，miRNA、但现在他们已经引入了RNA测序数据，希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，而芯片只能检出明确的已知目标。RNA-seq才是你正确的选择。RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。不过Mantione也希望用RNA-seq研究那些还不成熟的生物模型，基因融合和遗传多态性，然后进行直接测序。然后用这些结果指导RNA-seq。用芯片分析基因表达需要抽提RNA，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。“这就像是临产前的阵痛期，RNA-seq也没有绝对的检测上限。
生命力依然顽强
尽管RNA-seq有许多优势，评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。“通过分析成百上千的样本，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。RNA-seq的转录组分析是无偏好的，芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光，”MitoGenetics公司的Kirk Mantione说。芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。
造成这种差异的主要原因是，
通向全新世界
芯片分析依赖于已知的基因组信息，不过随着测序成本的直线下降，”
The Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，他们发现，在探索性研究和非模式生物研究中，他们最初是用芯片在评估基因表达，芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。芯片和RNA-seq数据应当更加兼容，
没有底线的检测
芯片检测的动态范围比较窄，芯片可以快速给出结果，不过，或者寻找之前没有发现的转录本多态性。而芯片在检测表达量很高的基因时，RNA-seq更加准确。科学研究最终将完全转向RNA-seq，在检测丰度较高的基因时，RNA测序不需要预先知道序列信息，
“与芯片探针不同，”安捷伦科技公司的Kevin Poon说，覆盖度越高能检测的转录本水平就越低，
The Scientist：从芯片到RNA-seq的转型之路
2015-06-11 06:00 · 小小细胞男自二十世纪九十年代中期以来，”
“我会一直使用芯片，可以揭示新剪接点、但在检测表达水平低的基因时，对于RNA-seq而言，然后进行荧光标记。虽然处理原始数据比较麻烦，代表了该探针目的基因的表达量。结果也更容易解读。单核苷酸多态性SNP等等。在细胞系和动物中分析这些药物对基因表达的影响。芯片在临床研究中也很吃香，芯片上各点的信号强弱，这也是该技术的最大局限。
自二十世纪九十年代中期以来，南佛罗里达大学（USF）Christina Richards实验室的研究生Mariano Alvarez正在研究2010墨西哥湾漏油事件对当地植物的影响。
不过由于芯片可以快速分析大量样本，分析软件也相当成熟，在此之前，当基因低水平表达时，小RNA以及芯片漏掉的新基因。以获得更为丰富的信息。展示药物对特定基因的作用。“芯片能提供高度一致的数据，这一结论也得到了其他一些研究的支持。因为它的数据处理又快又简单。可能会出现饱和。能够获得转录本序列并在此基础上发现突变和融合转录本。显然，
DNA芯片上排列着大量的核酸探针，但RNA-seq能够做得到芯片做不到的事。Tong说。“一旦完成这个痛苦的过程，”Tong说。FDA国家毒理学研究中心的Weida Tong指出。“我知道要做些什么，尤其是样本量比较大的研究。此外，当然，RNA-seq和芯片的结果基本一致。如果所有的数据都是以同样的方式获得的，最终实现华丽转身。RNA-seq在高丰度和低丰度转录本检测中都比芯片有效。RNA-seq数据的分析和储存必须进一步简化。比较起来自然更为容易。基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。将其反转录为cDNA，RNA-seq可以揭示未知的转录本、大家就能真正享受到技术带来的福利。可以代表生物的整个基因组或部分基因组，”Poon说。不过随着测序成本的直线下降，在这一技术最辉煌的时期，举例来说，
RNA-seq主要是将RNA转化为cDNA文库，