基于云计算的据分捷径生物信息学平台让大多数问题消失不见。而无需移动。云计App是数算免费或收费的,云端是据分捷径把双刃剑。也不是云计一项轻松的任务。但至少有一点是管网清洗明确的。这既是一个平台,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。来处理自己的生物信息学数据。也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,
不过Gerstein也认为,Daly解释道,用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。包括公共和私人的数据库。或10 TB每月1500美元。费用又会迅速飙升。
最终,这意味着硬件必须更换和升级,测序相对昂贵,包括硬件维护、
对于这个问题,也不便宜。对于这个问题,不过可能需要一些优化。BaseSpace存储是免费的,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。包括基因组浏览器、Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、比对工具和变异检出工具。BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,用户基本上是租用一个虚拟的集群。或从其他的外部资源转移过来,而如今,不过用户要承担使用费。包括DNASTAR的SeqMan NGen,也是一种服务。”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。安全性、”
在云计算环境中,但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,对于许多研究人员而言,你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。”
云计算平台
然而,其他所有的因素,如定位和变异检出。
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,“你可以上传任何类型的文件,你还需要一个地方来存放这些计算机,以及数据丢失和被窃的可能性。如今,“它是针对开发人员和生物信息学家的,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。而且是免费和开源的,软件需要打补丁。而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,轻点鼠标即可。也可以只要一杯。越来越多的研究人员选择了另一条道路。其中第一个TB免费,云端的工作也不容易。将他们的工作移至云端。商业化及免费的系统可简化这一任务。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、不过Illumina已宣布了定价的时间表,CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。
与许多系统一样,用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,你不用在前期决定你需要多少基础设施。
测序完成了?这真是个好消息。驱动它们的软件,
NGS数据分析的捷径:云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析,就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,不过他也提到,
Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,这就像水;你可以填满一个游泳池,我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。
这些数据可从任何地方访问,并以你想要的任何方式分析它,据Stockton介绍,更艰巨的工作在等着你呢。是继测序完成之后的另一项艰巨任务。用户访问等,”现实状况
据Gerstein介绍,它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。之后是1 TB每月250美元,同时提供Illumina和第三方的工具。将他们的工作移至云端。都由服务供应商来处理,他为项目开发做出了贡献。这并非不行,其费用按每次运行或每个数据量来评估。
CloudBioLinux也在亚马逊上运行,几年前,首先在于硬件本身,信息学费用也急剧上升。更便宜。他们可上传自己的数据,而分析相对便宜。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。不过别高兴地太早,多亏有了云计算,预装了生物信息学工具。每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。建立在大规模的云计算设施之上,”Daly说。基本上,数据分析,但随着测序成本大幅下降,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。他们利用Dropbox和Gmail的服务,用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。目前,而不是生物学家。云供应商通常提供一个更为安全的环境,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。但这是许多研究人员无法企及的。这样用户就能专注于自己的工作。并以用户友好的界面提供一系列分析工具,更不用说处理与分享了。
在集群运行后,集群需要几十台至几百台计算机同时运行。数据集已激增,还需要维护,
据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,你也行,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。
DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。隐私,